Los inicios de este certamen se remontan al año 1380 en el que el rey Juan I concedió a Zafra un mercado semanal que fue ampliado sucesivamente en 1395 con un mercado por la fiesta de San Juan y, en 1453, es el monarca Juan II de Castilla quien lo amplía con otro de mayor categoría por la festividad de San Miguel otorgando al Conde de Feria un privilegio para organizar una feria cada año, de siete días de duración por la festividad de San Miguel, antecedente de lo que se celebra en la actualidad.
Cuando en otras poblaciones las ferias habían decaído extraordinariamente, en Zafra se revitalizaba con una nueva orientación de estos encuentros de ganados y ganaderos, en certámenes competitivos con el fin de mejorar las razas.
La Feria de San Miguel se distinguía por ser una gran concentración de ganado porcino, ovino y mular que, con el paso de los años, se transformó en una exposición de los mejores ejemplares de nuestra ganadería celebrándose Subastas Oficiales, donde se adquieren los mejores reproductores para mejorar la cabaña nacional. Hasta mediados del siglo XX la Feria mantiene su estructura tradicional y no es hasta la etapa comprendida entre 196 y 1992 cuando recibe un gran impulso.
En esta etapa el certamen ganadero se abre como Mercado Regional del Campo y como Exposición de Ganado selecto Hispano-Portugués, se inauguran unas amplias naves, construidas por el Ministerio de Agricultura, que van a sustituir las instalaciones rudimentarias para constituir un Mercado Nacional de Ganados y, año tras año, se amplían las naves y terrenos de exposición, creciendo su Recinto Ferial hasta superar las 25 hectáreas de hoy en día.
En el año 1992 y con motivo del V Centenario del descubrimiento de América se decide la realización y promoción de la Feria Internacional Ganadera de Zafra. Se mejoran las instalaciones del recinto, se construye un gran Pabellón Central (actual Pabellón Banesto) y se adecenta gran parte del recinto.
La Feria de San Miguel cuenta con una reconocida fama a nivel nacional e internacional. Está considerada como la de mayor confluencia de ganaderos (representación de más de 150 ganaderías) y es la que impone precios y criterios.
Además de las subastas oficiales se celebran distintas actividades: conferencias, exposiciones artesanales, de maquinaria agroganadera y alimenticia, así como de todos los productos con relación directa o indirecta con el sector del campo y la ganadería.