Hasta el S. XIII en que se produce la reconquista, no resurge el movimiento religioso cristiano. Tras varios intentos de reconquistar la ciudad, el 19 de marzo de 1230 Alfonso de IX de León toma la ciudad, acompañdo de caballeros de la órdenes de Santiago y Alcántara, lo cual propicia el desarrollo y raigambre de la religión cristiana en la ciudad, ligándose al movimiento de las órdenes militares que aúnan el sentimiento religioso y guerrero en una ciudad que por su carácter fronterizo ha protagonizado numerosas contiendas.

En este constexto se forman y comienzan a funcionar las primeras Cofradías, sin embargo, debido a los acontecimientos históricos, principalmente a las guerras sufridas en la ciudad, apenas se conservan archivos de las Cofradías pacenses, y apenas existen datos anteriores al S. XVI. No obstante, encontramos la primera constancia documental de una Cofradía en el S. XIV, fundada en 1344 bajo la denominación de la "Señora Santa María de la Conçebición", asumiéndose la existencia de otras Cofradías y Hermandades desde el S. XIII, de las que sin embargo no se conserva ningún dato.

Los desfiles procesionales tienen su origen en la celebración del Vía-Crucis, costumbre que se inició en Italia en el S. XIII y se extendió por toda Europa un siglo después de la mano de la orden franciscana, siendo muy común la celebración de orgativas en épocas de desastres y epidemias durante la Baja Edad Media.

A principios del S. XVI aumenta el número de Hermandades, siendo muy habituales las procesiones penitenciales. No obstante, la Semana Santa actual tiene su origen en el I Concilio de Trento, en 1545, tras el cual se promueven las procesiones y otras manifestaciones públicas de fe para defender y propagar la religión católica, como reacción contra las tesis luteranas.

Del S. XVI datan numerosas Cofradías, todas ellas ya desaparecidas, y de las que ya sí se tienen constancia documental. Entre llas destacan la cofradía de Santa María, que tenía sede en la antigua Iglesia de Santa María del Castillo, antigua Catedral de Badajoz.

En el S. XVII sigue aumentando el número de Cofradías, realizando procesiones de gran severidad y recogimiento, aunque ya se empiezan a incluir detalles lujosos en la decoración de los pasos. En este siglo se tiene noticia de la fundación de al menos 19 Cofradías, de las cuales, cuatro siguen en activo actualmente: la del Santo Entierro, la del Dulce Nombre de Jesús, la de la Virgen de la Soledad, y la de Nuestro Padre Jesús de la Humildad.

Al llegar el S. XVIII, las Cofradías forman ya una parte importante de la sociedad pacense, realizando no sólo actividades de culto, sino también una importante labor social y asistencial. Sin embargo, a finales de siglo, atraviesan una etapa muy adversa, prohibiéndose las Cofradías gremiales e incautándose muchos de sus bienes -casas y propiedades fundamentalmente-. En esta época se fundan siete nuevas Cofradías, permaneciendo actualmente sólo una de ellas: la de Nuestro Padre Jesús de la Espina y María Santísima de la Amargura.

En el S. XIX, la Guerra de la Independencia, que en Badajoz y su comarca fue especialmente virulenta, merma una gran parte del patrimonio de las Cofradías. Y apenas se recuperaron de este duro golpe, cuando surgieron las desamortizaciones, que les afectaron indirecta o directamente, según los casos.

Existen actualmente 9 Cofradías que cuentan con un total de más de 8.000 hermanos, casi 4.000 nazarenos que salen en 12 procesiones, y en las que salen 23 pasos.