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La comarca del Valle del Alagón es muy diversa desde el punto de vista paisajístico, destacando ambientes como las dehesas, las zonas de regadío, las pseudoestepas, los humedales, el bosque mediterráneo o el roquedo.
El 14,06 por cien de la superficie comarcal se encuentra bajo protección ambiental, en total 246,2 Km2. Destaca sobre todas la ZEPA "Canchos de Ramiro y Ladronera" que, situada al sur de la comarca, forma un corredor ecológico con Monfragüe, conteniendo prácticamente las mismas especies de flora y fauna que el conocido Parque Nacional