El Monasterio de Yuste fue fundado en 1408 bajo el patrocinio del Infante Don Fernando, hermano de Enrique III. Uno de sus claustros es gótico y otro renacentista, contemporáneo de la Iglesia construida en 1508-1525. En el año 1556, Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico decidió retirarse a algún convento para hacer en él vida monástica, eligiendo para ello el Monasterio de Yuste. Por esta razón, tuvieron que realizarse numerosas obras para ampliar las escasas dependencias con las que el monasterio contaba en ese momento y que eran insuficientes para albergar al emperador, así como a las más de 60 personas con las que contaba su séquito personal.
La Casa-Palacio constaba de dos plantas con cuatro estancias cada una, alrededor de un patio interior. Las habitaciones del emperador estaban ubicadas junto al coro de la iglesia, de modo que le permitían asistir a los oficios religiosos desde su propio dormitorio, sentado en su litera, donde permanecía postrado debido a la grave afección de gota que le aquejaba. Durante la estancia del emperador en Yuste, numerosos personajes de la corte pasaron por allí para visitarle, entre ellos su propio hijo, el rey Felipe II de España.
El 21 de septiembre de 1558, murió Carlos V en la que fue su última morada. Fue enterrado en la iglesia para, con posterioridad, ser trasladados sus restos al panteón real del Real Monasterio de San Lorenzo de El Escorial, por expreso deseo de su hijo Felipe II.
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